Prima della riedificazione a opera dei Padri riformati di San Francesco nell’anno 1616, il complesso sacro era adibito a monastero di Clarisse: queste nate come Ordine secondario francescano, furono nel XV secolo introdotte nell’Ordine benedettino – data l’impossibilità per le monache di appartenere a un Ordine mendicante.

Questo convento, che apparteneva alla provincia francescana dell’Aquila della chiesa di San Bernardino, conserva tutti gli stilemi dell’ordine francescano basati sulla semplicità l’umiltà, la gioia e il servizio nei confronti dei più deboli, uno stile di vita di grande valore morale. L’edificio ancora oggi fa trasparire tali qualità ma alcune date per una breve sintesi storica sono necessarie per capire i travagli subiti nei secoli da questo bene. Nel febbraio del 1703 un violentissimo terremoto rade al suolo il paese di Borbona, si salvano soltanto il convento e due palazzi di epoca cinquecentesca. Anche la chiesa subisce danni e il suo odierno disallineamento delle navate molto probabilmente è dipeso dalle violentissime scosse subite.
Nel 1811 le soppressioni napoleoniche confiscano i beni religiosi e anche il convento segue questa sorte. Tutti i documenti relativi alla storia del convento vengono bruciati dai soldati che vi si accampano, per sfuggire ai forti rigori invernali.
Nel 1853 i frati acquisiscono di nuovo l’uso del convento. Soltanto questo convento e quello di Antrodoco vengono restituiti ai Francescani perché secondo un’ordinanza di papa Pio IX potevano essere riaperti i conventi gestiti da un minimo di 12 frati. Gli altri conventi della zona, pur importanti, come quello di Leonessa e di altri rimangono chiusi. Questo a testimonianza dell’importanza che rivestiva questo luogo per l’ordine.
Purtroppo questa riconquista dura pochi anni perché nel 1866 dopo l’unificazione d’Italia, la casa sabauda confisca molta parte dei beni ecclesiastici siti sul territorio italiano, fra cui questo convento.
Diventa poi carcere mandamentale dopo una breve convivenza fra Francescani e Carabinieri.